La batalla de Caseros, en 1852, marcó la victoria decisiva de Urquiza.
Justo José de Urquiza, gobernador de Entre Ríos y presidente de la Confederación Argentina.Separada Buenos Aires del resto de las provincias, el Congreso Constituyente de 1853 nombró a la ciudad de Paraná como capital de la Confederación Argentina y a Urquiza como presidente.
En 1860, luego del ingreso de Buenos Aires a la Confederación, se dictó la constitución de Entre Ríos, eligiendo a Urquiza como gobernador provincial. Urquiza volvió a la gobernación en 1868, y murió en 1870 durante una revolución dirigida por Ricardo López Jordán. Jordán fue nombrado gobernador por la legislatura, pero el presidente Domingo Faustino Sarmiento no reconoció su autoridad, enviando ejércitos a intervenir la provincia. Jordán intentó resistir, pero fue derrotado y se refugió en Brasil. La intervención finalizó luego de la elección del gobernador Emilio Duportal.
Durante la gran ola de inmigración europea de 1853-1930 Entre Ríos fue una de las provincias en donde mayor cantidad de inmigrantes se establecieron, formando gran cantidad de colonias agrícolas.
La constitución provincial fue reformada en 1903, durante el gobierno de Enrique Carbó. Al entrar en vigencia en 1912 la Ley Sáenz Peña de voto secreto, se presentaron a elecciones la Unión Cívica Radical, el Partido Conservador y el Partido Socialista. En dicha elección triunfó el candidato radical, Miguel Laurencena.
La crisis económica mundial de 1929, conocida como la Gran Depresión, perjudicó a las economías agroexportadoras, lo cual produjo un aumento en la urbanización de la provincia. El proceso de industrialización abierto en la década del 30, motivó un éxodo provincial ya que los centros urbanos provinciales no podían asimilar a toda la población que llegaba del campo.
En 1933 se reformó la constitución provincial. Entre 1946 y 1955 se realizaron nuevas reformas, que fueron dejadas sin efecto en 1955, para reestablecer el texto constitucional de 1933. Los golpes de estado que se reiteraron entre 1930 y 1983 anularon las autonomías provinciales mediante gobernantes militares designados por el dictador en el mando, que asumían el título de "gobernador".
( Período destacado: la construcción del túnel subfluvial Raúl Uranga - Carlos Sylvestre Begnis (inicialmente Hernandarias), que unió las ciudades de Paraná y Santa Fe y terminó con el aislamiento por vía terrestre de la Mesopotamia y que se complementó en 1975 con la inauguración del Complejo Ferrovial Zárate - Brazo Largo, que la une con la provincia de Buenos Aires. En 1974 se inició la construcción de la importante Central Hidroeléctrica Binacional de Salto Grande que comenzó a generar energía en 1979.
En 1983, al reestablecerse la democracia, fueron elegidos sucesivamente gobernadores Sergio Alberto Montiel (UCR, 1983-1987), Jorge Busti (PJ, 1987-1991), Mario Armando Moine, nuevamente Busti (1995-1999), nuevamente Montiel (1999-2003), Busti por tercera vez (2003-2007) y Sergio Urribarri (PJ, 2007-con mandato hasta 2011).
En enero del año 2008 comenzó a sesionar una convención constituyente que reforma la Constitución Provincial. La misma es presidida por Jorge Busti, quien poco antes ejerció la gobernación de la provincia.
